OncoAgents

Cieľ projektu

Vytvorenie webovej aplikácie, ktorá bude užívateľom umožňovať efektívnejšie vyhľadávanie nad vedeckými článkami.

Webová aplikácia pre vyhľadávanie bude umožňovať používateľovi zadať dopyt do vyhľadávača. Vráti sa mu urćitý počet článkov. Nad týmto zúženým výberom článkov následne spravíme analýzu. Vyhľadávanie ako aj analýza prebiehajú nad obsahom celého članku, pričom budú články zobrazené nielen formou zoznamu ale aj radiálneho grafu s hľadaným výrazom uprostred.

Po rozkliknutí jednotlivých uzlov grafu je zobrazený znalostný graf (knowledge graph). Zobrazenie v knowledge grafe umožní používateľovi jednoduchšie a rýchlejšie zachytiť podstatu daného článku, čím zefektívni výber vhodnej literatúry.

Kto sme?

V rámci tímu sa všetci poznáme nielen ako spolužiaci, ale aj ako kamaráti, ktorí spolu trávia svoj voľný čas. Vďaka vzťahom, ktoré medzi sebou máme vybudované, je naša skupina súdržná a našou silnou stránkou je práve komunikácia.

Aj keď sme všetci zapísaní v odbore ISS, každý z nás má jedinečné skúsenosti s rôznymi technológiami. Mnohí máme popri škole stáž/prácu, v ktorej získavame ďalšie skúsenosti.

Ako tím disponujeme širokou škálou vedomostí a zručností od vývoja frontendu (JavaScript -React, Angular, Vue.js, jquery; HTML; CSS; Bootstrap)/backendu (Python/Django; REST framework/Flask-Restful; Java/Spring; PHP/Laravel; NodeJS/ExpressJS) a práce s Sql/NoSQL databázami, cez tvorbu a deployment (Linux, Docker, AWS) hybridných (Flutter) a natívnych aplikácií (Kotlin) až po data science (Numpy, Pandas, Scikit, Seaborn, ...).

Väčšina členov tímu má zo štúdia, najmä z bakalárskych prác, nadšenie a skúsenosti s data science a Machine learningom (Pytorch).

Náš tím

Bc. Ján Huďan

Manažér testovania a špecialista na nasadzovanie

Bc. Martina Billichová

Frontend developerka

Bc. Miloš Galeta

Backend developer

Bc. Patrícia Huďanová

Scrum Master a frontend developerka

Bc. Martin Budinský

Frontend developer a špecialista na NLP

Bc. Ivana Háberová

Špecialistka na NLP

Bc. Ivana Baleková

Backend developerka

Ing. Juraj Vincúr

Vedúci tímu

Šablóny dokumentov

Zápisnice

Retrospektívy

Finálny dokument

Zápisnice zo stretnutí

Zápisnica č. 1

Zápisnica č. 2

Zápisnica č. 3

Zápisnica č. 4

Zápisnica č. 5

Zápisnica č. 6

Zápisnica č. 7

Zápisnica č. 8

Zápisnica č. 9

Zápisnica č. 10

Záznamy z retrospektív

Retrospektíva č. 1

Retrospektíva č. 2

Retrospektíva č. 3

Retrospektíva č. 4

Retrospektíva č. 5

Retrospektíva č. 6

Retrospektíva č. 7

Retrospektíva č. 8

Retrospektíva č. 9

Finálna dokumentácia

Dokumentácia

Naše šprinty

1. The one where it all began (07.10.2021 – 18.10.2021)
- Slack- prepojenie s Jirou
  - Integrácia Jiri do Slacku
- Oboznámenie sa so systémom
  - Pozretie nahrávok z minulého roka
  - Prečítanie dokumentov z minulého roka
  - Stretnutie s BigRing
- Webové sídlo tímu
  - Rozbehanie virtual machine
  - Vytvorenie statickej stránky
  - Definovanie obsahu stránky
  - Nahrávanie a sťahovanie súborov
- Príprava fromulárov
  - Template pre retrospektívu
  - Template pre zápisnice
  - Template pre oficiálny doc
2. The one where we had call during holiday (18.10.2021 – 01.11.2021)
- Vytvorenie prvého modelu
  - Vytvorenie zadania
  - Vytvorenie prvého modelu
- Štúdium dokumentácie k platforme od BigRing
  - Štúdium dokumentácie k platforme
  - Vytvorenie dokumentu
- Stretnutie s BigRing-om
  - Vytvorenie rozvrhu
  - Stretnutie s BigRing-om
3. The one with all the documentation (01.11.2021 – 15.11.2021)
- Analýza podkladov (Lambda Life)
  - Analýza podkladov od Lambda Life
- Návrh a vytvorenie dalšieho modelu
  - Vytvorenie zadania
  - Vytvorenie druhého modelu
- Štúdium gitbook dokumentácie
  - Tvorba dokumentu k časti procesy
  - Tvorba dokumentu s flow-om
- Stretnutie s BigRing-om
  - Stretnutie s BigRing-om
4. The one where we tried NLP (15.11.2021 – 29.11.2021)
- Analýza NLP
  - Analýza toolu, ktorý vytvoril kinit
  - Analýza NLP toolov pre český jazyk
  - Analýza NLP toolov pre slovenský jazyk
  - Analýza NLP toolov pre anglický jazyk
- Implementacia prototypu na spracovanie štúdií
  - Predspracovanie datasetu
  - Analýza výsledkov
  - Spustenie a otestovanie NLP knižníc na dátach
  - Ziskanie datasetu klinickách štúdií
- Štúdium gitbook dokumentácie
  - Tvorba dokumentu k časti procesy
  - Tvorba dokumentu s flow-om
- Stretnutie s BigRing-om
  - Stretnutie s BigRing-om
5. The one where we created our own path (29.11.2021 – 13.12.2021)
- Analýza frameworkov určených pre tvorbu vizualizácií a vytvorenie prototypu
  - Vytvoriť prototyp pre vizualizáciu
  - Analyzovať webové frameworky pre vizualizáciu
- Existujúce služby a API
  - Analyzovať druhú polovicu API prístupov z libraries.mid.edu
  - Analyzovať prvú polovicu API prístupov z libraries.mid.edu
- Návrh aplikácie
  - Návrh UI
  - Identifikovanie scenárov
  - Špecifikácia zadanie
- Analýza related work
  - Vytvorenie dokumentu pre analýzu výskumných prác
  - Analýza výskumných prác
  - Vytvorenie dokumentu pre komerčné nástroje
  - Analýza komerčných nástrojov
6. The one with new project (28.02.2022 – 07.03.2022)
- Prototyp využitia API
  - Vytvorenie modelu dát
  - Implementácia komunikácie s API serverom
  - Inicializácia repozitára pre BE a FE
- Analýza backend frameworkov
  - Vytvorenie dokumentu
  - Analyzovanie frameworkov
- Prototyp UI
  - Implementácia prototypu
  - Implementácia detailu článku
  - Update mockupov
  - Implementácia zoznamu článkov
7. The one where we created base project (07.03.2022 – 21.03.2022)
- Prototyp využitia API
  - Vytvorenie modelu dát
  - Implementácia komunikácie s API serverom
  - Inicializácia repozitára pre BE a FE
- Prepojenie BE a FE - prototyp 1
  - Prepojenie zoznamu článkov na FE s BE
  - Implementácia searchu na BE
  - Implementácia searchu na FE
- Prototyp mind mapy z free textu
  - Implementácia prototypu mind mapy z free textu
  - Update mockupov
- Analýza možností vytvárania štruktúr z free textu
  - Vytvorenie dokumentu
  - Analyzovanie možností vytvárania štruktúr z free textuv
- Analýza možností zobrazenia detailu článku v html
  - Vytvoriť dokument s analýzou
  - Implementácia prototypu
8. The one where server fell (21.03.2022 – 04.04.2022)
- Nasadenie aplikácie
  - Úprava dockera
  - Nasadenie aplikácie na virtuálku
- Zefektívnenie vizualizácie
  - Doplnenie API na BE
  - Prerobenie stromu na radiálny graf
- Vytvorenie knowledge grafu na základe semantic triplets
  - Prototyp so zobrazením tripletov v knowledge grafeu
- Analýza možností zobrazenia detailu článku v pdf/xml a navigácia vrámci neho
  - Analýza zobrazenia cez pdf
  - Analýza zobrazenia s pomocou XML
- Analýza toolov na semantic triplets
  - Otestovanie jednotlivých toolov
  - Analýza toolov
9. The one with final analysis (04.04.2022 – 25.04.2022)
- Nasadenie aplikácie
  - Úprava dockera
  - Nasadenie aplikácie na virtuálku
- Zefektívnenie vizualizácie
  - Vytvorenie dokumentu s návrhom
  - Prerobenie detailu článku
  - Doplnenie grafu ako listu do radiálneho stromu
- Prototypy s rôznymi možnosťami zobrazenia detailu článku
  - Implementovanie prototypu pre pdf
  - Implementovanie prototypu pre xml
  - Implementovanie prototypu pre html
- Testovanie rôznych knižníc na semantic triplets
  - Implementovanie prototypu
10. The one where we finished (25.04.2022 – 09.05.2022)
- Analýza, návrh a implementácia filtrovania tripletov
  - Implementovanie do prototypu
  - Analýza a návrh filtrovania tripletov
- Pridať prihlasovanie
  - Autorizácia na BE
  - Autorizácia na FE
  - Overovanie Ldap
- Pridať taby do popupu
  - Prepojenie s BE
  - Vytvorenie tabu s wordcloudom
  - Vytvorenie tabu s obrázkami
- Scenár testovania pre druhý tím + Automatické testy
  - Vytvorenie scenárov pre testovanie
  - Automatické testy
- Integrácia prototypu html rest