Okrem nastavení agenta v skripte scripts/config/settings.rb sa dá toto nastavenie ovplyvniť argumentami príkazového riadku pri spúštaní agenta. Tieto využíva napríklad test framework, keď spúšťa nové inštancie agentov. Formát týchto argumentov je rovnaký ako používa test framework. Keďže všetky nastavenia sú key-value páry, je formát argumentov
-názov_nastavenia=hodnota
Kvôli štruktúre nastavení uložených v ruby skripte, ktorý sa spúšťa až po spracovaní týchto argumentov a navyše pri každom preplánovaní by sa takto použité command line argumenty prepísali hodnotami zo skriptu. Preto okrem metódy Settings.parseCommandLineje nutné pre použitie týchto hodnôt zavolať ešte metódu Settings.setCommandLineOverrides. Táto sa volá aj zo súboru settings.rb, takže všetky nežiadúco zmenené nastavenia hneď zmení naspäť.
Defaultné hodnoty nastavení možno meniť v metóde Settings.setDefaults. Ostatné používané nastavenia vidno v skripte settings.rb